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Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  43 lines
  1. *******************************************************************
  2. * Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signatures *
  3. *******************************************************************
  4.  
  5. Many forms of RNA polymerase (EC 2.7.7.6) are known.  Most RNA polymerases are
  6. multimeric enzymes, but there is a family of  single  chain polymerases, which
  7. are  evolutionary  related,  and  which,  except  for  two  known  exceptions,
  8. originate from bacteriophages. The RNA  polymerases that belong to this family
  9. are [1]:
  10.  
  11.  - Podoviridae bacteriophages T3, T7, and K11 polymerase.
  12.  - Bacteriophage SP6 polymerase.
  13.  - Yeast mitochondrial polymerase (gene RPO41).
  14.  - Polymerases encoded  on mitochondrial linear  DNA plasmids in various fungi
  15.    and plants: Agaricus bitorquis pEM,   Claviceps purpurea pClK1,  Neurospora
  16.    crassa Kalilo; Neurospora intermedia Maranhar and maize S-2).
  17.  
  18. Two conserved aspartate and  one  lysine residue  have  been shown [2,3] to be
  19. part of the active site of T7 polymerase.  We have used the regions around the
  20. first aspartate and around the lysine as signature patterns for this family of
  21. polymerases.
  22.  
  23. -Consensus pattern: P-[LIVM]-x(2)-D-[GA]-[ST]-[AC]-[SN]-[GA]-[LIVMFY]-Q
  24.                     [D is the active site residue]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [LIVMF]-x-R-x(3)-K-x(2)-[LIVMF]-M-[PT]-x(2)-Y
  29.                     [K is the active site residue]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Last update: June 1994 / Text revised.
  34.  
  35. [ 1] McAllister W.T., Raskin C.A.
  36.      Mol. Microbiol. 10:1-6(1993).
  37. [ 2] Maksimova T.G., Mustayev A.A., Zaychikov E.F., Lyakhov D.L.,
  38.      Tunitskaya V.L., Akbarov A.K., Luchin S.V., Rechinsky V.O., Chernov B.K.,
  39.      Kochetkov S.N.
  40.      Eur. J. Biochem. 195:841-847(1991).
  41. [ 3] Sousa R., Chung Y.J., Rose J.P., Wang B.-C.
  42.      Nature 364:593-599(1993).
  43.